Contaminação Microbiana e Parasitária Ao utilizar o dejeto de animais em plantanções, espera-se que o mesmo esteja sem bactérias e repleto de nutrientes, devido aos processos em que é submetido. Críticos da agricultura orgânica puderam observar que muitas vezes o esterco não é bem tratado, e acaba contaminando não apenas o produto, como também o solo onde é depositado. Através de um estudo realizado em 2002 por KOUBA, pode-se concluir que alimentos orgânicos contem mais parasitas que alimentos condicionais, mas ao serem ingeridos não são transmitidos ao homem. KOUBA mostrou também que a afirmação dizendo que alimentos condicionais contem menos micotoxinas está errada, pois os bolores produtores destas toxinas são capazes de desenvolver-se tanto em alimentos orgânicos quanto em alimentos tratados com agrotóxicos.
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